《意见》中单独强调，要加强综合治理太湖的力度。制定“十一五”太湖流域水污染防治综合方案，水污染排放全面执行国家和省一级A标准。太湖周边地区污水处理厂要全部开展脱氮除磷深度处理，农村地区也要搞生活污水处理工程。在环太湖周边一级保护区5公里范围内一律实施退耕还湖、造林绿化，逐步取消畜禽和传统种植业，大幅度减轻农业资源污染。制定规划，调整压缩、逐步取消太湖网箱养殖。总结推广无锡五里湖治理的成功经验，开展湖体、河道生态修复工程建设，对梅梁湖和太湖流域农村河道实施清淤，特别要重视和研究湿地生态的恢复工作。在太湖适宜的湖湾、主要入湖河道，全面建设人工湿地等生态隔离带。